（1）2001年获中国国家自然科学进步奖二等奖；
（2）2004获美国宇航局局长签署的“Cluster 科学作出突出贡献”证
（3）2005获欧洲空间局特殊贡献奖；
（4） 2004、2007年欧洲空间局探测计划科学成果的重要进展；
（5）研究成果《揭示太空杀手电子形成的秘密》入选美国著名的《发现》（Discover）杂志 2007年度的全球百大科技进展；
（6）2009年欧空局公布了双星-Cluster计划实施中具有突出贡献的十位科学家名单，宗秋刚教授在全世界1000多名科学家中位居第一。
（7）2010年，获得欧空局“杰出科学家”奖。
(8) 2012年美国地球物理协会优秀评审员
（9）2013年北京大学优秀教师奖（方正）
(10) 2015年教育部自然科学二等奖
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